En février 1998, il est nommé Directeur Provincial de l’Agence Nationale des Renseignements/Nord Kivu, le 02 août 1998, il est à Goma parmi les fondateurs du Rassemblement Congolais pour la Démocratie, RCD, dont il devient, en novembre, le premier Président élu de l’Assemblée des membres.
En mai 1999, il provoque, grâce à l’appui des troupes ougandaises et la collaboration du Professeur E. Wamba – Dia Wamba, une scission au sein du RCD qui lui permet d’installer le RCD/KIS­-ML à Kisangani. En septembre de la même année, en qualité de Commissaire Général (Premier ministre) du Mouvement, il arrive à Bunia, devenu nouveau quartier général du RCD/KIS­-MlL après les batailles de Kisangani livrées contre les troupes rwandaises.
En octobre 1999, il élève les cités de Beni et Butembo en villes et nomme KAYISAVERA Gouverneur du Nord Kivu avec chef –lieu établi à Beni. Il installe un poste émetteur radio FM à Isiro en août 2000. En novembre, soutenu par les cadres politiques et militaires, il parvient à évincer le professeur Ernest Wamba­ Dia Wamba de la présidence du RCD/KIS­-ML parce que ce dernier s’opposait à la restructuration du Mouvement.
En janvier 2001, le FLC « Front de Libération du Congo » sur les territoires sous contrôle du RCD/KIS­-ML et du MLC avec Jean­-Pierre BEMBA comme Président et MBUSA NYAMWISI comme Coordonnateur de l’exécutif (Premier Ministre). Pour se soustraire de l’emprise ougandaise, il s’exile en Afrique du Sud où il entame une diplomatie agressive pour la réunification du Territoire National Congolais.
En août 2001, il revient au pays lorsque ses combattants, avec l’appui de la population, sont parvenus à chasser le Chairman J. P Bemba des territoires jadis sous contrôle du RCD/KIS­-ML.
Du 20 au 24 août 2001, il participe à la réunion préparatoire du Dialogue Inter Congolais de Gaberone, où il demande l’implication des forces Mai­ Mai aux négociations. Il intensifie ses démarches diplomatiques et s’investi totalement alors dans la tortueuse et longue lutte pour la réunification des territoires de la République Démocratique du Congo.
Au début de 2002, ses démarches doublées de l‘appui discret qu’il reçoit de la population locale lui permettent d’obtenir le retrait des troupes ougandaises des Territoires de Bafwasende dans la Province Orientale, de Beni et Lubero dans le Nord-Kivu.
Antipas MBUSA NYAMWISI dirige la délégation du RCD/K­-ML aux pourparlers du Dialogue Inter congolais de Sun City, en Afrique du Sud où, avec les autres partenaires, signe l’Accord Cadre de Sun City du « 12 avril 2002 » et pilote l’idée de création du camp de la Patrie.
En mai 2002, il organise, la première visite de la délégation du Gouvernement de KINSHASA dans la zone rebelle sous son contrôle, et pose ainsi le premier acte significatif de la réunification qu’il veut effective, mais aussi pour concrétiser les effets positifs du camp de la patrie. A cause de cette action hautement politique, le territoire sous son contrôle est attaqué de tous côtés par les armées des ennemis internes soutenus par ceux de l’extérieur.
Durant la même période, il voyage en Afrique du Sud, en Ouganda, Angola, et en Europe pour la recherche de la paix en RDC et dans la Région des Grands Lacs Africains. Il joue un rôle important dans la formation de l’axe Kinshasa ­ Luanda ­Kampala ce qui qui avait rendu possible la conclusion de l’Accord de Luanda par lequel l’Ouganda s’engage à retirer ses troupes de l’Ituri.
Toujours en 2002, il effectue un voyage risqué à Kigali au Rwanda dans le but d’empêcher les alliés de ce dernier d’attaquer les territoires congolais sous son contrôle. Malgré cette précaution ces territoires seront attaqués en 2003 par les troupes du RCD/ GOMA.
Le 17 Décembre 2002, il signe avec les autres partenaires congolais du conflit, l’Accord Global et Inclusif.
Au premier semestre 2003, il organise, sur le terrain militaire et par des actions diplomatiques, la défense des territoires de Mambasa, Beni et Lubero que les coalitions MLC, RCD/National et RCD/Goma qui voulaient conquérir ces entités pour saper la réunification effective de la République Démocratique du Congo.
Globalement, l’action politique et diplomatique de Monsieur Antipas MBUSA NYAMWISI a constitué le socle principal du processus de réunification de la RD Congo.
Dans le gouvernement de Transition issu de l’Accord Global et Inclusif, Monsieur Antipas MBUSA NYAMWISI occupe les hautes fonctions de Ministre de la Coopération Régionale où il a, entre autres charges, la mission de normaliser les relations de la République Démocratique du Congo avec les pays voisins. Il a par la suite été Ministre d’Etat des affaires étrangères et Coopération Internationale, puis ministre de de la Décentralisation et l’aménagement du territoire.
En 2011, suite à la dérive totalitaire du Gouvernement il démissionne du Gouvernement et intègre l’opposition. Il postule à la présidence de la République et tente d’unifier l’opposition dans la visée de présenter un candidat commun face au président sortant.
Lors de la Rébellion du M23 et quelque temps après le début des massacres de la population de Beni, il prend le courage d’accuser le Pouvoir en place d’en être responsable, ce qui lui créera des démêlés avec le pouvoir en place et le contraignit à l’exile.
Dans son exil à partir de 2015, il mena plusieurs tournées diplomatiques pour sensibiliser les décideurs du monde sur la situation du Pays et avec ses pairs de l’opposition, ils créèrent des plates formes de l’opposition (Rassemblement de l’opposition, Lamuka…).
En 2019, il prit congé de sa participation dans l’opposition Lamuka et accepte d’accompagner son ancien allié de l’opposition (actuel président de la République) pour apporter sa contribution dans la lutte contre la ravageuse épidémie de la maladie à virus Ebola et l’épineuse question des massacres de la paisible population de la région de l’Est du Pays